Se puede poner abajo con el ventilador mirando hacia arriba sin problema perfectamente, pero como todo, tiene sus ventajas y sus desventajas.
Las ventajas de ponerla como te comenta el compañero, es que no afecta, para bien ni para mal, al flujo de la caja. De la otra forma por contra la fuente funcionará algo más caliente (porque está cogiendo aire de dentro de la caja) pero a cambio ayuda ligeramente al flujo de la caja.
No diría que una forma sea la buena y otra la mala. Personalmente la tengo como tú, y es para esa posición para la que vienen los agujeros de la mayoría de cajas que no permiten ambas posiciones, pero vamos, que en una caja bien ventilada, lo mismo te va a dar.
Saludos