No creo que importe, seguramente se podra reparar con ambos.
Cuando arranques el pc desde el CD y selecciones Reparar, desde la
consola podras introducir ciertos comandos, como el chkdsk. Que seguramente te lo solucione.
Una vez que el disco duro del xp (normalmente C: ) arranque normalmente recuerda volver a pasarselo desde Mi pc/boton derecho C:/ propiedades/herramientas/comprobacion de errores.
Marcas ambas casillas y le das a reiniciar para que te lo vuelva a pasar.