La BIOS lee el MBR del disco duro que tenga puesta para arrancar por defecto.
Si por defecto tienes para arrancar del IDE arrancara solo lo que tiene el IDE, y si arranca el SATA arrancara solo lo que tenga el SATA.
El caso dual se da cuando en un disco duro tienes configurado que arranque distintos S.O., de todas formas, un arranque dual (ni aunque sea de 75 opciones te lo aseguro

), no tiene porque afectar al resto de sistemas..., te lo dice uno que solo en el pen tiene mas de 15 S.O y mas de 6 gestores de arranque diferentes

.
Ya luego dentro del S.O. este se encargara de darle las letras que tenga libres al otro disco duro.
Yo ahora tengo intercaladas las letras entre discos duros, pens y lectores..., aun recuerdo cuando un dia llegue a la O:\ y me empece a asustar (menos mal que Windows no reconoce muchos formatos)XD.
Ten en cuenta que el tema de intalar un sistema de 32 o 64 bits es solo UNA INSTALACION EN UN DISCO DURO, cosa que no afecta a los componentes fisicos y como bien dicen otra cosa muy distinta seria tener que llevarlo a otro PC

(normalmente basta con una reparacion del S.O y listo).
Perdon por mis comentarios, pero es que me ha dado por escribir algo, hace poco yo también tuve que lidiar con cambio de IDE a SATA (y un HDD SATA problematico con la placa por cierto ¬¬).