Hablo casi sin recordar nada, así que puedo equivocarme... A mas velocidad, mas rápido llegaran los datos a la CPU para que este los procese.
Para elegir una otra debes mirar las características de tu CPU y placa base, ya que estos suelen limitar la velocidad a las que pueden funcionar las memorias. Por ejemplo, el intel i5 4670 solo admite memorias DDR3-1333/1600, así que al ponerle mas posiblemente no funcione (no se si en algún caso puede ser que funcione pero a la máxima velocidad permitida por la CPU)
Por otra parte, la placa base también tiene unos limites en la velocidad de la memoria, aunque suele ser menos restrictiva que la CPU. Por ejemplo, la asrock z87 extreme 3 admite hasta DDR3 2933+ con overclock, así que la CPU suele limitarte mas.
Por otro lado tienes el tiempo de latencia de las memorias, que es el tiempo que pasa entre acceso y acceso a la memoria, por lo que a mas pequeño es mejor. En el caso que dices, la primera de ellas tiene CL9 y la segunda CL11, por lo que a la primera se accede mas rápidamente que la segunda.
Lo ideal seria buscar la memoria mas rapida que admita tu CPU y placa base, y que tenga el menor CL posible...
Espero haberte aclarado un poco
