pues segun, si los tienes independientes el uno del otro, suele ser mejor tener dos de 500GB por que si peta uno, el otro se salva, si peta el de 1TB pues peta el disco entero... aparte al ser mas pequeños el tiempo de acceso disminuye porque tienen menos platos...
si por contra, tienes los dos HDs en raid0, a nivel de datos es equivalente a tener un HD de 1TB, si peta un disco lo pierdes todo aunque el otro HD este bien... aunque a nivel de rendimiento sigue siendo mejor un raid0 de 500GB que un HD de 1TB...