Pues un virus, dependiendo de cómo lo hagan, puede joderte en mayor o menor medida, el 99% de ellos se limitan a joderte en windows, y luego ese 1% que queda se limita a joderte el hardware.
Todavía recuerdo cuando un virus infectó el firmware de una disquetera hace sus años (cuando todavía se tiraba con msdos), infectaba los primeros sectores de cada diskete que le metieras y al meterlo en una disketera sin el virus, esta lo pillaba al leer también los primeros sectores del disco, era bastante curioso.
También te pueden infectar el MBR, y teór¡camente con un fixmbr lo borrarías.
También los hay que aprovechan a meterse en la bios, te modifican los primeros bytes de la bios y luego, como muchas placas base tienen chips flash de hasta 4Mb para una bios de 256kb, pues se escribe todos los datos del virus a partir de que termine la bios en esa memoria flash.
y así un largo etc...