Si todos los programas estan en el primer disco duro, puedes quitarlo y cuando vuelvas a ponerlo estara todo igual que al principio. (salvo las modificaciones del segundo disco duro)
Esta es la teoria y es incuestionable. Si no cambias el hard de tu equipo el soft del primer disco duro debe seguir funcionando.
Ahora bien mi experiencia practica es la siguiente: Tenia un disco duro de 20 GB con Windows y Linux. Compre un nuevo disco duro de 80 GB, le pase los datos que me interesaban. Quite el de 20 GB y reinstale desde cero en el de 80 GB.
Despues de unos meses, buscando un fichero importante (la firma digital para hacienda) que no encontraba por ninguna parte, pense que tal vez estaba en mi viejo disco de 20 GB y se me habia olvidado copiarlo, total que quito el nuevo y pongo el viejo disco duro. Y sorperesa de sorpresas, no se que jodida cosa paso mientras tanto, culpa del linux, que la primera particion C: del viejo no se podia leer.
Pero vamos seguro que te funciona... o no....
Un saludo.