Hola,
Una instalación limpia y luego meterle la copia de time machine deja de ser limpia porque te meterá todo aquello que hacía que MacOS no fuese bien.
Bajo mi punto de vista tienes dos opciones:
Reinstala el sistema con el ejecutable que descargas de la Mac AppStore (más limpio y soluciona muchas veces problemas de rendimiento)
O, la segunda opción es utilizar el "Asistente de migración" que viene en la carpeta Aplicaciones/Utilidades de los sistemas MacOS donde te dejará importar los datos de una copia de Time Machine. Es algo parecido a importar la copia entera pero si no recuerdo mal te dejaba escoger qué importar y qué no.
Espero haber ayudado
Salu2
