No, no hay problema alguno, solo deben ser del mismo modelo del GPU, la marca del ensamblador no afecta. Donde si te afecta algo es la velocidad de la VRAM, digamos que una maneje GDDR3 y la otra GDDR5, la velocidad del SLI sera limitada a la mas lenta, en este caso la GDDR3, asi que ambas tarjetas de video trabajarian a la velocidad del GDDR3.