Porque las TVs no se comportan como monitores de PC, todo pasa a través de su electrónica de escalado (no en todas las tvs pero si en buena parte), esto esta pensado por si reproduces un BR 1080 el TV sea capaz de reproducirlo, así que hace el escalado para reproducir la imagen. Si tu TV no es como buena parte de las sony (muy malas en este sentido), al poner la resolución nativa se debería ver el escritorio perfectamente nítido encajando pixel por pixel en la resolución del TV.
De esta forma será cuando obtengas la mayor calidad de imagen en tu TV reproduciendo vídeo.
Saludos.