puedes formatear perfectamente un disco y el otro no sin ningún problema, lo haces desde el cd de instalación d windows y arreglado. Otra cosa fue cuando creaste las particiones por primera vez, pero ahora ya no hay problema, formatea c: al empezar la instalación y arreglado.
Respecto a linux, pues básicamente puedes hacer casi todo lo que windows, es diferente y te tienes que acostumbrar a él, pero no cuesta mucho
la diferencia es que vas a usar un sistema de ficheros distinto, en vez de estar el dvd por ejemplo en mi pc\e: lo tendrías en /media/hdd1 y cosas por el estilo. Después muchos programas de windows no existen en linux, pero tienen substitutos que suelen ser mejore, en vez de ms office tienes openoffice (que también está en windows), amarol en vez de winamp o windows media player, k3b en vez de nero, amule en vez de emule... y así, pero todo tiene su substituto, menos los juegos T_T
Lo mejor es que te hagas con una distribución (algo así como versión de linux) en livecd es decir un cd (o dvd) que lo grabas y arrancas desde él como si fueras a instalar, pero lo que hace es arrancar linux como si estuviera instalado pero sin instalar nada, lo pruebas, haces lo que quieras con él y si te gusta lo instalas.
En linux existe la posibilidad de ponerte un gestor u otro de ventanas, te recomiendo que busques una distribución que lleve KDE ya que se parece más a windows xp y así tardas menos en acostumbrarte a él
Como recomendación puedes ponerte kubuntu que es sencillisima de instalar y va de lujo o linuxmint que viene a ser la misma versió pero más bonita y con algunas aplicaciones para hacer más fácil el manejo a personas que esten acostumbradas windows. Simplemente bajate las iso's de su web, las quemas en un cd (o dvd según la versión), reiniciasy a disfrutar.
más adelante pudes pensar en instalarte Debian, que és la más rápida de las que he probado, aunque es más difícil de configurar/instalar y no tiene livecd
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pero bueno es la "mama" de las otras dos.
Mucha suerte
