Tienes que decidir cómo quieres controlar los ventiladores. Si los quieres regular desde la BIOS o por software, debes soltarlos de fan1/fan2 y conectarlos directamente a la placa. Si los prefieres regular con los reguladores de la caja, déjalos como están (es probablemente lo más lógico en tu caso ya que tu caja lo incluye).
No tiene sentido conectarlo a los dos sitios (cómo se regularían entonces? por el ajuste de la caja o por el software?), así que la respuesta lo que preguntas es que no, no hay que conectar ninguno de esos cables a la placa.
El regulador de ventiladores de la caja se tiene que alimentar de algún sitio, para eso son esos conectores de alimentación. Si quieres que se enciendan los LEDs, enchufa ambas, si solo quieres que funcionen los ventiladores (para dejar el PC encendido de noche, por ejemplo) puedes dejar esa suelta.
Saludos