Al igual que ivivan98, también prefiero una instalación limpia. Pero si no quieres, lo puedes clonar sin problemas.
Respecto a Origin y Steam, en una instalación limpia se quejan seguro. Lo mejor sería bajarlos de nuevo (programas y juegos).
Edito porque se me pasó decirte que después puedes borrar el antiguo windows. Pero seguramente tengas problemas con los permisos. Puedes cambiarselos a mano o usar un programa tipo unlocker