Pues, a lo bruto, lo minimo que tienes que hacer, es meterte en la BIOS de la placa, y cambiar la forma de trabajo de los SATA, de RAID a AHCI, y ya esta, metes tu SSD, instalas lo que quieras, y el disco duro suelto también tendrás que formatearlo para poder usarlo, algo asi como si hubieses metido uno nuevo.
Luego si quieres hacerlo "bien", antes de hacer lo anterior, tienes que meterte en la "RAID BIOS" y deshacer el RAID, para meterte en esta, justo después de la BIOS normal, te saldrá la tecla que tengas que pulsar para entrar a configurar el RAID.
Tambien es posible, que si quitas un disco, automáticamente te salte la BIOS RAID, informándote de que el RAID ha fallado, entonces pues puedes deshacerlo también.