Particionar significa dividir el disco duro en sectores independientes, más o menos así:

Los beneficios son:
-Al haber sectores independientes los datos de la otra partición no son eliminados cuando por alguna razón tengas que formatear.
-Puedes instalar más de un sistema operativo.
-Al ser sectores independientes la fragmentación que se produce al borrar y escribir nuevos archivos sólo afecta a la partición en uso.
-En caso de hiciera falta desfragmentar no tendrás que hacerlo a todo el disco duro (es un proceso realmente largo y mientras se realiza no se puede usar el equipo), basta con hacerlo a la partición afectada.
Desventajas:
-Ninguna, que yo conozca hasta la fecha.
Lo que yo hago es dividir el disco en tres particiones:
-una pequeña para el sistema (máximo 50GB).
-otra partición para archivos permanentes (la más voluminosa, aquí instalo mis juegos preferidos y hago una copia de las entradas de registro para no tener que volver a instalarlos).
-la última es para descargas, al haber mucho tráfico de archivos es la que está más expuesta a la fragmentación, periódicamente realizo limpieza, los archivos que considero útiles los paso a la partición de "datos permanentes" o los grabo en un DVD y luego formateo la partición.
La carpeta de "Mis Documentos" también se puede cambiar de sitio a cualquiera de las otras particiones para tener tdos los datos en una sola partición.