¿Estamos hablando de una PC portatil?
Como sea, si apagas una pantalla la tarjeta de video detecta que esta apagada, de todas formas, si esta en modo CLONADO [vez lo mismo en todas las pantallas] no hace doble tyrabajo, pues solo se remite el GPU a enviar la misma señal a las salidas de video conectadas. Diferencia seria si en cada pantalla haces algo distinto, que ahi dependiendo de la actividad [generacion de imagenes CGI o reproduccion de video o solo mostrar el escritorio de windows] ya verias un cierto impacto en el rendimiento del juego.