El formato que te permite Windows es bastante pobre, prueba con algun programa como Norton Partition Magic o (en mi opinion la mejor opcion) arrancando desde un live-cd de Ubuntu y usando la aplicación GParted, como he leído un poco mas arriba que no sabias que era ésto te explico, un live-cd no es mas que un cd con el sistema operativo Ubuntu de Linux que te permite arrancar desde dicho cd y usar el sistema operativo como si lo tuvieras instalado en tu maquina (a una velocidad mas lenta por supuesto), pues bien, el cd no te sera difícil de encontrar, es software libre, así que desde la propia web de ubuntu lo podrías descargar. Una vez te hagas con el cd lo único que tienes que hacer es modificar el arranque en la BIOS para que bootee desde el cd y listo! Cuando tengas el Linux arrancado, la aplicación que te dije antes la tienes (si no recuerdo mal) en el menu "Administracion/ Herramientas" o viceversa (lo siento, no soy usuario diario del maravilloso Linux).
Un saludo y suerte!