Salvo que me corrija algún experto:
Micro->cobre->aluminio.
Caso de existir ventilador, que apunte al aluminio.
La transferencia de calor del micro al cobre es más eficiente que del micro al aluminio. Sin embargo, el aluminio tiene mayor dispersión, por lo que es más eficiente aplicar el aire a él.
Eso tengo entendido...pero aparte, si ves cualquier disipador pasivo o de aire de un sobremesa, están hechos así, cobre en la parte que contacta con el micro y aluminio arriba.
En tu caso me parece entender que son dos piezas aparte, lo que habría que ver es cómo unes esos dos disipadores para que la transferencia de calor entre cobre y aluminio sea correcta y no te dé más perjuicio que beneficio.
