Buenas:
Preferiría controlar cada pin o los más importantes en la placa base del multi cartucho (por nomobrarlo de alguna manera) en vez de poner un PIC para cada cartucho. No quiero tocar el cartucho.
En cuanto al Reset de la N64, se queda reseteado el tiempo que tengas el dedo pulsado en el botón y no sale de ahí hasta que lo sueltes, con el PIC de puede dar esa orden y no pasa nada negativo, así me da tiempo escoger el cartucho.
En cuanto a cambiar el cartucho en caliente, precisamente con el tema del Reset con cierto ampliación de tiempo y la desactivación del cartucho controlado con el PIC, no hay problemas.

Son unos 50 pines contando sus dos caras.
Por ahí hay una Web que no recuerdo ahora que te dice como es cada cartucho por delante y por detrás. Si alguien sabe cual es, se lo agradezco. Si te fijas en este ejemplo, tiene varios pines conectado a lo mismo, otros tantos que no se usa, hay que tenerlo en cuenta, saber que hay juegos que si y otros que no o simplemente nunca se usa.
Como son 50 pines, suponiendo que se usan todos, necesito 50 transistores que hacen de interruptor digital que conecta al PIC. Todos de este tipo mostrado abajo.
No hay que ponerlo a lo loco, me imagino que algunos serán tipo NPn y otros PNP, con sus resistencias de protección y todo, nada de alimentación al vacío que lo puede dañar. Así que imaginar el tamaño de la placa el tema de la electrónica.

Lo de ampliar la placa (muy buena idea, no se me ocurrió), antes en el título casi pongo 30 cartuchos, pero me parece demasiado. En tal caso, se creará una ranura como expanción para otra placa idéntica de otros 16 cartuchos y que quede bien acoplado.
En temas de los PIC y pines, si son 50 solo para el cartucho, sin contar para otras cosas, se necesita circuitos integrados de apoyos, exceptuando tirar por PIC32 de 100 pines que pocos les interesa, ya que prefieren tener lo que puedan comprar en sus tiendas preferidas.
Empezar con un PIC de 40 pines de zócalo DIP está bien, luego se diseñará bien los decodificadores ya comprados o hacerlos con otros PIC para reducir componentes electrónicos.
Recordar que desactivar todos los pines es como cambiar de cartucho sin problemas. Haré una prueba de dejar Reseteado la N64 mientras cambio de cartucho haber como se comporta y les contaré mis experiencias.
En caso de que se produzca algún cuelgue o cosas raras, simplemente, en vez de Resetar, haré un apagado y encendido. Así no habrá problemas al 100 %.
Gracias a todos por las sugerencias.