Hombre, así, sin más información es un poco difícil decirte nada, en principio tendrias que decir si lo quieres como primario (dónde instalarás el Sistema Operativo) o secundario (para almacenar datos y punto). Si es primario, con que lo conectes y arranques con el cd de instalación del SO, tendrás opciones de particionamiento, si sólo es para datos, lo conectas enciendes windows y en Mi pc tendrás otra unidad de disco, que si quieres (y es recomendable) deberias formatearlo, con el mismo Windows (dando por supuesto que es el SO que usas) botón derecho del ratón encima del disco en questión formatear y aceptas con las opciones por defecto que te da el SO y listo!
Luego tienes herramientas como partition magic que te permiten más opciones pero por tu pregunta yo usaria el mismo Windows para hacerlo.
No questa nada buscar un poco en google... siempre hay información para casi todo y más con algo tan simple cómo esto.
Saludos y suerte
