Depende, si hablamos de abrir la caja del disco externo (no pensadas para abrirse muchas) y si este tiene los conectores Sata no hay problema en reemplazarlo directamente por el interno, pero algunos bastante modernos vienen directamente con el USB soldado y no lleva conector Sata.
Y si hablamos de usar Windows en un disco por USB ya te digo que son problemas principalmente por que no está pensado para ello, así que o no se podrá (el instalador ni lo contemplará) o el rendimiento será pésimo (el USB tiene muy mala gestión de lecturas/escrituras simultaneas y si algo tiene Windows es que en eso se infla), en ese aspecto Linux si se defiende bien en un dispositivo USB o Pendrive pero tu interés es Windows.