No creo que tenga nada que ver, yo también tengo un disco duro en vertical y otro en horizontal (junto a un lector que sino no llega el cable ide). El que ahora tengo en horizontal también lo probé en vertical y hacía el mismo ruido. El que ahora tengo en vertical no he probado a ponerlo en horizontal, pero como el otro hace el mismo ruido en una posición que en otra dudo que este reduzca su nivel de ruido al cambiarlo.