ummmm... esto me va a sonar a mi... mismo caso o algo parecido... en mi caso tenía una GeForce 2 MX-400 (sus 9 años hace), total que era meter algo en Direct3D y aquello podía hacer cualquier cosa, bien ir suave sin problemas, bien dar fallos gráficos que dependiendo del día lo hacían injugable o no (Max Payne era la estrella en esto), bien no ir o soltar un amasijo de poligonos sin forma alguna... era meter cualquier cosa en OpenGL y fino fino, aunque no había mucha variedad, más bien todos eran derivados del mismo motor (Quake III: Arena, MOH:AA, JKII:JO, RTWC, etc)...
lo curioso llega cuando me da por meterme en linux, meter el wine y auquello iba no bien, mejor que en windows y con una calidad que lo flipas en comparación (bueno la implementación de wine para D3D está hecha sobre OpenGL, así que problemas pocos xD)...
no le encontré solución, simplemente me cambiaron la tarjeta y acabó funcionando con la nueva...
sobre tus preguntas...
1. pues no tengo datos concretos, pero vamos en calidad no hay mucha diferencia, sólo has de ver que lo que hace Id Sofware (siempre ha trabajado en OpenGL), poco tiene que envidiarle a las vacas sagradas de D3D...
2. si, el modelo de gestión de hardware de linux es bastante diferente... pero te tendría que dar una clasecilla de arquitectura del kernel de linux para que lo entendieras y no me apecete xDDD...
3. lo dudo, al fin y al cabo los shaders son los mismos...
PD: afortunadamete para cualquier linuxero, nvidia hace unos drivers geniales para linux (a años luz de ATI), por eso no es... y el harware es idependiente del SO, el que un hard no rule bajo linux se lo has de agradecer a la compañia que no programa drivers para linux...