Diferencia entre setup.exe y setup.msi?

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Son varios los programas que tengo con los que la instalacion puedo hacerla desde el setup.exe tradicional, o uno que veo ultimamente que es setup.msi

¿que diferencia hay entre hacerlo con uno y con otro?

saludossss
Setup.msi es un fichero que al ejecutarlo es abierto por el Windows Installer, lo mismo que al hacer clic en Setup.exe, solo que cuando cargas Setup.exe te hace comprobaciones del sistema para ver que todo esta bien.

Puede que me haya equivocado en algo :P
Lo que ha dicho Waninkoko, además, creo que MSI es como una utilidad que además del EXE, reúne otros archivos, aunque no estoy totalmente seguro.
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