Abres una consola (inicio > ejecutar > cmd) y escribes:
convert c: /fs:ntfs (eso supongo que ya lo habrás hecho)
Cuando te pida desmontar el volumen dile que SI, te dirá que no se puede (esta en uso) y que si en el siguiente reinicio hará la operación. Elige SI y reincia.
PD: antes de hacer esto, haz copias de seguridad, nunca se sabe...
