Fdisk /mbr reescribe el sector de arranque, es decir, si lo ejecutas desde win 98 escribes el sector de arranque como si sólo estuviera win 98. Si lo haces desde xp lo mismo pero con xp.
Como te decía, si no estás muy seguro de lo que haces lo mejor es que consigas un gestor de arranque y el partition magic. El gestor de arranque (bootmagic por ejemplo) te muestra todas las particiones y todos los sistemas operativos, y crea un menú desde el cual quieres arrancar y todo eso, pudiendo tu añadir/quitar a tu antojo. Ocultas particiones, las seleccionas activas, y todo lo que quieras.
El partition magic tiene una utilidad en la que le puedes decir con que partición quieres arrancar. PQboot o algo así creo que se llama. Si ahí le pones la del xp te arrancará ese S.O. directamente sin menús ni nada. (Mismo efecto que fdisk /mbr). Una vez hayas arrancado bien, puedes hacer lo que quieras con la otra partición.
Cuidado, crea disquetes de arranque, no vaya a ser que te cargues el arranque y luego no puedas arrancar. El proceso es sencillo, pero siempre pueden venir los duendecillos...