* FAT: MS-DOS 6.xy Windows 9x-sistemas vienen con una utilidad de desfragmentación llamada Defrag. La versión para DOS es una versión limitada de Norton SpeedDisk. [10] La versión que viene con Windows 9x se licencia de Symantec Corporation, y la versión que se incluye con Windows 2000 y superiores (con las excepciones de Vista, Server 2008, y 7) tiene licencia de Diskeeper Corporation.
* NTFS: de Windows 2000 y versiones posteriores incluyen una herramienta de desfragmentación sobre la base de Diskeeper. Windows NT 4.0 incluye una interfaz de programación de aplicaciones que las herramientas de terceros pueden utilizar para realizar tareas de desfragmentación, pero no de línea de comandos o herramientas gráficas que se incluyen hacer uso de ella. Windows NT 3.51 y abajo no incluyen ninguna capacidad de desfragmentación. Una serie de productos de desfragmentación libres y comerciales de terceros están disponibles para Microsoft Windows.
* Ext2, ext3 y ext4 (Linux): ext2 utiliza un desfragmentador en línea llamado e2defrag, que no funciona con su sucesor ext3. Sin embargo, otros programas, o los independientes del sistema de ficheros, se puede utilizar para desfragmentar un sistema de archivos ext3. ext4 es compatible con ext3, por lo que en general la misma cantidad de apoyo de los programas de desfragmentación.
* VxFS tiene utilidad fsadm la intención de realizar también operaciones de desfragmentación.
* JFS tiene un defragfs [11] de utilidad en los sistemas operativos de IBM.
* HFS Plus (Mac OS X) En 1998 se introdujo una serie de optimizaciones a los algoritmos de asignación en un intento de desfragmentar los archivos mientras se accede sin un desfragmentador separado. Si el sistema de archivos no se fragmentan, la única manera de desfragmentar que es usar una utilidad como iDefrag Coriolis System, o para limpiar el disco duro por completo e instalar el sistema desde cero.
* WAFL en el sistema operativo NetApp Data ONTAP 7.2 tiene un comando llamado reasignar los que está diseñado para desfragmentar los archivos de gran tamaño.
* Proporciona XFS una utilidad de desfragmentación en línea llamado xfs_fsr.
* SFS Procesos de la función de desfragmentación de forma casi completamente sin estado (aparte de la ubicación que está trabajando en), por lo que la desfragmentación se puede detener e iniciar de inmediato.