El tiempo de renderizado lo marca el CPU, y en eso vas pobre, a mayor resolucion, mejor codec usado en el video resultante (no es lo mismo comprimir en Xvid que H264, aunque algunas compañías tienen algunos codecs H264 que comprimen por GPU, MainConcept tiene para Nvidia y AMD/ATI) y complejidad del video mas va a sufrir.
Es verdad que algunos programas pueden hacer algunas tareas por GPU por que tienen soporte para CUDA (Nvidia) y alguno perdido soporte para Atistream (AMD/ATI), pero son pocos y a veces solo se limitan a unos plugins concretos.
Lo mejor que puedes hacer es montar la grafica e informarte que puedes usar con OpenCL y Ati Stream en After Effects. (la cosa es que creo recordar que algo habia)