¿Cual es la mejor forma de sacar un DVD de la PS2 FAT?

Buena pregunta. Supongo que ambas formas serán correctas, porque de serie no hay otra forma de regresar al menú principal de la consola salvo hacer un reset en caliente.
A mi parecer, todo dependerá de la costumbre que tenga cada usuario de PlayStation 2.
Lo que yo solía hacer era guardar la partida, regresar al menú principal del juego, expulsar la bandeja de discos, sacar el juego, cerrar la bandeja, resetear completamente la consola y luego apagar. Creo que de todos los métodos, éste es el más largo, pero hay que tomarse el lujo de ser un poco tiquismiquis con nuestras queridas consolas, no?

@truenos @Tipoduro lo mejor es apagar la consola desde el botón de atrás o directamente del cable de corriente, ya que al resetear la consola o expulsar la bandeja, el DVD está girando a gran velocidad y si la consola falla en algo, dejará caer el disco en la bandeja girando, me paso con un dvd y desde esa vez lo hago así para retirar mis juegos originales para que no se rayen.

Al hacerlo así el disco seguirá girando pero pasado 20 segundos se detendrá solo y ahí apretó el botón de expulsar bandeja y cambiar de juego.