¿Por casualidad no habrás restaurado la bios a los valores por defecto hace poco?
A ver si no vas a tener el cable que indica que el ventilador está en marcha enchufado...
Puede que tuvieses esa opción desactivada en la bios y por eso nunca te salió el mensaje y, por un reinicio de bios esa opción se haya activado y al comprobar el ventilador salta el error.
Exactamente eso me pasó a mí hace tiempo en un equipo. Si las temperaturas de la cpu son correctas no deberías preocuparte por ese mensaje. De hecho para que no te salte el mesaje, una vez estés seguro que el ventilador gira correctamente y la temperatura no muestra ningún problema, puedes indicar a la bios que no compruebe el ventilador.