Se guarda contactos, mensajes, configuración, etc.... Pues las aplicaciones y la música ya la tienes en el iTunes y con un solo click puedes volver a sincronizar.
Yo recuerdo un día que me aburría haber hecho un jailbreak, y luego le puse la copia de seguridad y no recuerdo haber perdido nada.
Para volver a restaura la copia, botón derecho sobre tu dispositivo y restaurar copia, así de sencillo...
Vamos, que cuando haces una copia de seguridad no pierdes nada.... o por lo menos, yo no lo perdí... pues el correo esta alojado en la web...
Un Saludo.