Ghost es la mejor opción, sencillo de usar y para todo tipo de usuarios. Pero la licencia cuesta dinero.
Clonezilla, por el contrario, es sw libre. Pero incluso siendo un usuario avezado y con conocimientos, a veces es difícil de utilizar y entender su funcionamiento.
Respecto a la otra pregunta, el sistema quedará igual de limpio que cuando hiciste la imagen. Es una copia exacta de tu partición/disco (en Clonezilla, podría depender de las opciones que elijas), es decir, se copian tanto los archivos del SO y programas instalados, como la "basura" que ya tenga tu disco. No es para nada una instalación limpia desde cero.
Saludos.
