mmmm pues depende de lo que vayas a poner dentro... en esencia son prácticamente iguales, el espacio interior es exactamente igual (ENORME)... sin embargo cambian un par de cosas, primero el espacio para HDDs, en la Cosmos 1000 van en una especie de rack con capacidad para hasta 6 HDD (que según parece es algo calentorro) y la Cosmos S lleva un módulo que se adapta a 3 bahías de 5.25 con capacidad de 4 HDD (lleva un ventilador con led rojo de 12cm que mantiene muy frescos los HDD); segundo, la Cosmos S no permite instalar disipadores de más de 145mm de altura (a no ser que elimines el ventilador lateral de 20cm o bien le pegues un par de cortes para que un disipador alto encaje)...
en resumen, para disipación por aire es mejor la Cosmos 1000 (aunque hay algo que hacer con los HDD para que se fundan) y para RL es mejor la Cosmos S (aunque tb es cierto que la Cosmos 1000 tb está bien preparada para RL)...
personalmente, yo tengo una Cosmos S y estoy encantado con ella... he instalado todos ventiladores que permite y es una auténca nevera, aunque tb es cierto que he tenido que quitar el ventilador lateral de 20cm para instalar un Noctua NH-U12P SE (a falta de hacerme con otro venti de 20cm para poder estudiar el corte para encajarlo)...