AVIDEMUX, abres el archivo de video, en formato de video eliges XVID o DIVX, el audio lo eliges como MP3 a 128kbps, en el BOTON FILTROS eliges SUBTITLE-->ASS si es que tienes un archivo de subtitulo ASS o SSA, si tienes un archivo SRT eligs el filtro SUBTITLER y eliges tipo de letra, color y tamaño. Ya solo guardas tu archivo al contenedor AVI
Filtros de AVIDEMUX

Filtro de subtitulaje basado en archivos SSA y ASS.

Basado en archivos SRT y TXT.

O usa MediaCoder.
Abres el archcivo de video, pestaña VIDEO eliges formato XVID, en ENCODER y SOURCE eliges AUTO, en AUDIO eliges MP3, bitrate CBR y a 128Kbps, pestaña CONTENEDOR eligesd AVI, en pestaña SUBTITLE en MODE eliges o DEFAULT RENDER o VOBSUB RENDER, eliges el archivo de subtitulo desde FILE, boton START y tendras un archivo AVI con los subtitulos ADHERIDOS [pegados] en el video.
NOTA, con el editor de subtitulos EAGISUB puedes abrir directamente el archivo MKV, y EAGISUB extraera el archivo de subtitulo que despues podras guardar como ASS o SRT.