Buenas, creo que se lo que dices, porque yo tuve alguna duda con eso (que se disipo al leer con mas detalle el manual de la placa base)
A la placa base hay que conectarle 2 cables. Uno, el ATX nosmal, inconfundible porque es mas largo que los demas (no recuerdo cuantos pines tiene, unos 20 o 24). Aparte, hay que conectarle el cable de 12V. Este, efectivamente, va al lado de la CPU.
En el caso de mi plada, la toma de 12V tiene 4 pines (es caudradilla

). Pero de mi fuente (Corsair VX550), me salia un cable con 8 pines. Consultar el manual de la fuente, pone que ese cable es de 4/8 pines para compatibilidad con noseque otras placas. El conecto es "separable", y entonces te quedan dos conectores de 4 pines:
|oooo| -> |oo| |oo|
|oooo| -> |oo| |oo|
Uno de ellos tiene 2 calbes negros y dos aamarillos, y el otro dos negros y dos negro-amarillos. Tienes que poner primero, que es el que da 12V.
Espero que esto te ayude, si no pon unas fotos porque si no no sabremos exactamente que te pasa...
PD: Conectar cables de la fuente a la placa de forma incorrecta, puede hacer que te cargues la placa y cualquier componente conentado a ella, asi que cuidado...