Muy buenas, según los datos que has puesto, los altavoces tienen una impedancia demasiado baja 3 ohmios, cuando lo mas habitual es que sean de 8, por lo que el problema con el subwoofer, a lo mejor va por ahí, acércate a una tienda de informática, y coméntales el problema, a ver si te pueden vender alguna resistencia para ponérsela en el cable y convertir el altavoz a 8 ohmios, y así a lo mejor no tienes esos problemas de sonido.
P.D.: Deberías saber que impedancia necesita el amplificador del subwoofer, para poner una impedancia de 6-8 o incluso 16 ohmios, aunque como te comento lo mas habitual son los de 8.