Te permite conectar los 2 ventiladores al mismo conector [CPU_FAN], pero no te resuelve magicamente lo de que sea de 4 pinespara tener rgulacion de velocidad popr PWM. De todas maneras el de 3 pines se regula la velocidad mediante voltaje, en lugar de mediante pulsos [PWM], y el BIOS controla dicho voltaje. En el BIOS o lo detecta automaticamemte o tienes que configurar la forma en que se regulara la velocidad del CPU_FAN.
Sobre la pregunta de si ese propgrama podra regular la velocidad, sera que veas si dichio programa acerpta las dos formas de regulacion, si por voltaje o si por pulsos PWN.