Si el video se ve bien, mas no el audio entonces tan solo recodifica el audio.
Extrae el audio con el virtualdub a wav, (cambia el formato de compresion y selecciona uncompressed), y despues lo pasas a un formato ams habitual usando BeSweet (mp3 o lo que tu reproductor agarre). Ya que tengas el nuevo audiop, lo juntas con el video usando el virtualdub tambien, y listo, no deberias de tener mas problemas.
Salu2 y suerte