Cada sistema es un mundo, y si existiera un manual para cada uno, nos desbordaria tanta información. Cualquier buen manual te puede servir si conoces tu hardware. Lo que es dificil (por no decir imposible) es encontrar un manual que sepa que hardware posees. Y ya no solo es el hardware, es saber que opciones vas a requerir. No es lo mismo si quieres un firewall o te sobra con el del router, por ejemplo.
Y si quieres que se te explique cada una de las opciones del kernel, lo mejor es que le des al botón de ayuda en la opción adecuada del kernel.
Por supuesto hay configuraciones estandar, pero la mejor manera de obtener tu configuración óptima es que tú mismo sepas lo que estas haciendo en todo momento.
Saludos