Lo tienes bastante chungo, no es una averia fácil de solucionar.
Se puede recuperar el sistema operativo aunque puede ser que cuando lo recuperes, pierdas toda la configuración de los programas, y que cuando intentes ejecutarlos no te funcionen bien. El registro se guarda en varios archivos en la siguiente ruta:
\Windows\System32\Config
Allí tienes varios archivos sin extensión, software, sam, system, security que son los que contienen todo el registro de windows.
Puedes intentar hacer una restauración a un punto anterior al desastre con un LiveCD, como ERD Commander por ejemplo, y ver si funciona todo bien como antes.
Si restaurando no te funciona, te queda otra opción y es también desde un LiveCD, seguir estas instrucciones:
http://support.microsoft.com/kb/307545/esBásicamente, se trata de sobrescribir estos archivos que te he dicho con una copia de seguridad que guarda windows en la siguente ruta:
\Windows\Repair
Aunque está última opción seguro que te funcionará pero perderás toda la configuración de todos los programas, es como si estuviera todo instalado , pero nada funcionará.
Yo probaría antes , a restaurar a un punto de restauración anterior con un LiveCD.
Saludos y suerte.