SOLUCIONADO : ya he visto como hacerlo con el MeGUI
He estado probando programas para comprimir de h264/x264 a x264, tanto en Debian con en Windows XP, pero los programas o no me abren los archivos para poder tratarlos (caso como el del MeGUI en WindowsXP, por ejemplo) o me los abren y recomprimen pero luego se ven/escuchan mal (caso del Avidemux en Debian, por ejemplo). ¿Alguien sabe como puedo hacerlo? Querria un programa con GUI, no mediante consola, si puede ser.
PD: Tambien he probado ha sacar la pista avc del contenedor (mkv, mp4, ogm) e intentar comprimirla a x264, pero los resultados no han sido mucho mejores... con el avidemux he podido, pero al meterla en un contenedor se ve/escucha mal, eso si se llega a reproducir...
PD2: Si comprimo de xvid a x264 (usando los mismos parametros de compresion) se ve perfectamente en los diferentes reproductores (incluido el ordenador).
