yo tengo un hd de 80 gigas con 2 particiones (1 de 20gb y otra de 55) automaticamente al instalar el segundo so el ordenador ya me pide al terminar la instalacion con cual quiero arrancar, supongo que será lo mismo .... solo que tu tienes 2 disco duros, pero al fin y al cabo es lo mismo que tener 1 solo, y con 2 unidades (c: y d: por ejemplo)