Bueno, yo hace años que no tengo problemas de virus, hago chekeos 1 vez al mes con diferentes softwares, el mismo windows defender, malwarebytes, le paso el ccleaner, hago desinstalaciones limpias con revo uninstaller, que no me deja ni las migas (hay excepciones, no se de que dependerá, como en alguna carpeta oculta como "AppData", de ahi un par de veces no me borro algo que se alojo ahi de algun programa).
No me considero un usuario basico, mas bien medio, yo salted el XP al win8, que sinceramente echo de menos ahora que estoy en el 10, y me gusta el 10 mas que el 8, pero el 10 me pone pegas para casi todo, coño, he tenido problemas con juegos "originales", problemas de librerias, como es posible si te instala lo necesario
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cosas como esas pues ya no las entiendo y tengo que buscarme la vida, para un usuario avanzado no es problema y sabe que pasa, yo tengo que preguntar que pasa o que hago si despues de buscar no encuentro solucion jeje
Pero vamos, que esta bien tener limitado el tema de trabajar con archivos en carpetas de programas y que requiera permisos y no deje hacer ciertas cosas sin antes tu darle esos permisos, como bien dices, es por temas de proteccion vaya.
los comandos del script que postie, y los comentarios de los permisos, son EXACTA la solucion a tu problema... es que eso es en cualquier windows 