Hablo sin tener ni puta idea, así que igual digo alguna barbaridad, pero así a bote pronto se me ocurren un par de opciones:
-Que el propio móvil les informe. Los terminales que proporcionan las compañías van siempre tuneados con un firmware propio. No sería de extrañar que el móvil marque de alguna forma los paquetes (en los paquetes TCP/IP hay mogollón de flags que normalmente no se usan para nada, y está tirado usar alguno de esos para aplicaciones "custom").
-Perfiles de tráfico. El móvil se usa para navegar, correo y quizás algún video si es un móvil modernillo. Si se lo enchufas a un portátil y empiezas a darle al bittorrent a saco (por poner un ejemplo), eso seguramente haga saltar cien alarmas en los servidores de la operadora al detectar un uso anómalo del ancho de banda. Esto lo usan por ejemplo en ONO para caparle la velocidad a los que están tol día con el emule/bittorrent a saco (si, es ilegal hacer eso, pero se la suda).
Pero vamos, imagino que si lo haces de forma puntual y sin hacer (desde su punto de vista) barbaridades, no creo que se molesten en quejarse y decirte nada.