Puedes instalarlo en un disco duro a parte, teniendo el disco duro de linux desconectado. Luego solo sería cuestión de usar el gestor de arranque de la bios, o editar el gestor de arranque de Linux para que detectara y cargara Windows.
O bien puedes crear una partición en Linux, instalar Windows en dicha partición y luego restaurar el gestor de arranque de Linux desde un CD de instalación, ya que Windows sobre escribirá el MBR y hasta que no restaures el gestor de arranque (GRUB o LILO) no podrías cargar Linux.
