Me temo que en el avi no puedes integrar subtitulos si no es haciendo que formen parte de la imagen. Incluso el hecho de tener AVIs con dos audios, aunque se puede hacer, rompe bastante las especificiones del AVI.
En todo caso, de cara a reproductores de PC, los subtitulos pueden estar como un archivo .SRT aparte del AVI, con el mismo nombre, y los cargan automaticamente.
Igual tu reproductor de salon puede hacer eso, aunque yo no creo que lo haga directamente al menos, pero por probar... hazlo en un CDRW y a ver.
Saludos!