Posiblemente te de un error, que, a ojo de buen cubero, te diría que es por la pista de audio. Te comento: TMPGEnc no soporta algunos tipos de pistas de audio, sobre todo si son OGG o MP3 variable. Lo que debes hacer es extraer con otro programa (VirtualDubMod a ser posible) esa pista a WAV, y a la hora de usar el TMPGEnc elegir como fuente de audio el WAV en vez de el propio vídeo. Este problema está totalmente solucionado con TMPGEnc 3.0 XPress, que es la última versión. Lo mejor, para evitar follones, es que te lo bajes, y en un plisplás tienes el VCD. Ya te digo que la interfaz es muy distinta, mucho más simpática e intuitiva, y soporta muchos más formatos, tanto de escritura como de lectura.