Dependiendo del hardware que vayas a usar, me explico:
Si le metes G8 e incluso las ultimas de la serie G7 (desconozco las nuevas ATI), seria conveniente hacer lo que dices, poner uno en la caja extraible de hd's superior, para que refrigere mejor.
Si vas a usar de las antiguas, probablemente, no lo necesites.
Respecto al compartimento del hd inferior, lo mejor es probarlo, si sin ventilador no te pasa de los 45+Cº perfecto, si la cosa se dispara a mas de eso, entonces ya seria recomendable poner uno, aunque sea a bajas rpm para evitar que largo plazo acabes estropeandolo.