A mí tampoco me gusta nada tener romsets completos, ni siquiera para MAME, y hace años que tengo un sistema de carpetas similar al que habláis. Ya desde hace tiempo para llevar control de la colección y acceder fácilmente a todo uso Launchbox. Es sencillo de usar y customizar y cambias de sistema de filtrado al vuelo. La versión gratuita es más que suficiente para tener la colección ordenada si no interesa el modo a lo Hyperspin. Se puede sincronizar con Epic, GOG, Steam... y ayuda a llevar control de la colección de juegos digitales. Lo tengo en inglés porque en el PC tengo todo así, pero se puede poner en español.
Además del filtrado, colecciones customizadas y tener carátulas, manuales... la ventaja que le veo es el acceso inmediato usando buscador. Aquí por ejemplo poniendo Double Dragon aparecen todas las entregas de la saga que tengo en mi colección, independientemente del sistema.
En la aplicación las roms de un mismo juego y sus versiones regionales (Contra y Probotector, por ejemplo), traducciones y hacks las tengo agrupadas bajo la misma carátula y los lanzo abriendo click derecho (los nombres aparecen en el desplegable).
Los sistemas también los tengo con desplegables y separados en categorías Arcade, Ordenadores, Consolas, Portátiles y Windows (donde tengo las plataformas como Steam, GOG...). Lo de los desplegables es que por ejemplo pulsando la raíz MegaDrive, aparecen todos los juegos que tengo de MegaDrive, MegaCD y 32X, mientras que si se pulsa cada sistema por separado, aparecen solo los juegos de ese sistema en concreto. Pero vamos, que se puede poner al gusto, se pueden establecer listados por regiones, homebrew, unreleased... y que solo aparezcan esos juegos si se abre ese submenú en concreto, y seguramente terminaré haciéndolo.
Los arcades los tengo por emulador (MAME, Model2, Model3, Naomi...).
En las carpetas donde tengo las roms almacenadas, las tengo agrupadas por sistema de forma muy similar a la que describís. Dentro de cada uno una carpeta para hacks, otra para homebrew, otra para unreleased... las traducciones yo las tengo junto a la colección de roms normales, lo único que hago es marcarlas con un sufijo al nombre como [T+Eng], por ejemplo. Lo que sí tengo en una carpeta propia son las roms japonesas sin traducción, juegos que me gustan mucho o me tienen muy buena pinta pero que a día de hoy no tienen traducción completa ni son jugables sin ella.
Con los microordenadores también tengo carpetas separadas para cada tipo de formato.
El Launchbox lo tengo dos PCs, uno de ellos con dual boot con Windows y un sistema Ubuntu para tirar a CRT, y todos los juegos en otro disco accesible para ambos SO. Por las particularidades de este último, en ese PC tengo que tener las carpetas con todo metido más a saco, para que algunos emuladores funcionen correctamente. Ahora estoy tan acostumbrado a gestionarlo todo en Launchbox que tal vez use esa estructura más a saco en el PC principal, para tenerlo sincronizado sin necesidad de andar cambiando rutas, pero me da pena deshacer todo ese curro.
Me parece una forma sencilla de tenerlo todo ordenado y accesible, y a la vez bonito. Me ahorro cosas como carpetas de favoritos o por letra, que con este sistema son innecesarias. Lo único malo que le veo es que algunas cosas interesantes son de pago, y hay que aprender a configurar los emuladores con el lanzador, pero es sencillísimo, mucho más que con cualquier otro launcher que he usado y se puede usar perfectamente gratis.