Yo utilizo Thunderbird por conexiones IMAP, y el outlook solo para hacer copias de seguridad con PST de los emails que me interesan. Pero vamos en la teoria si utilizas conexion IMAP en outlook, y haces un enviar recibir, te marcara los ya leidos como ya leidos, vamos que sincronizara.
En outlook puedes configurar cada cuanto tiempo quieres realizar una sincronizacion (opciones de enviar y recibir)